Fakultas Pertanian Universitas Almuslim (FP Umuslim) merupakan salah satu Fakultas tertua yang bernaung di bawah Yayasan Almuslim Peusangan. Sejarah berdirinya Fakultas Pertanian Universitas Almuslim, di mulai melalui Surat Keterangan Persetujuan Pendidikan Sementara Nomor: 367/Surat Keputusan PPS/Kop.1/1987, pada tanggal 3 November 1987 tentang pendirian Sekolah Tinggi Ilmu Pertanian (STIP) Almuslim, dibawah naungan Yayasan Almuslim Peusangan Kabupaten Aceh Utara.
Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor: 0140/D/O/1990 Tanggal 16 Maret 1990 Sekolah Tinggi Ilmu Pertanian (STIP) Almuslim berubah status dari izin operasional menjadi Status Terdaftar dengan nama Sekolah Tinggi Pertanian Almuslim (STP-Almuslim). Sesuai dengan Surat Keterangan Persetujuan Pendidikan Sementara, Sekolah Tinggi Pertanian Almuslim mulai membuka tiga Jurusan, yaitu: Jurusan Budidaya Pertanian, Jurusan Peternakan, dan Jurusan Sosial Ekonomi Pertanian. Selanjutnya menjadi Fakultas Pertama setelah Perguruan Tinggi Almuslim berubah status menjadi Universitas, yakni sejak dikeluarkannya Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor: 02/D/O/2003 tanggal 15 Januari 2003. Fakultas Pertanian memiliki Program Studi Agronomi, Program Studi Peternakan dan Program Studi Sosial Ekonomi Pertanian.
Kemudian sesuai dengan keputusan lokakarya Forum Komunikasi Perguruan Tinggi Pertanian Indonesia (FKPTPI) di Yogyakarta pada tahun 2007 dan Keputusan Dirjen Dikti No. 163 tahun 2007 tentang Penataan dan Kodifikasi Program Studi Pada Perguruan Tinggi baik negeri maupun swasta. Untuk beberapa Program Studi di Fakultas Pertanian mengalami perubahan nama, diantaranya seperti jurusan Sosial Ekonomi berubah menjadi Program Studi Agribisnis dan jurusan Agronomi berubah menjadi Program Studi Agroteknologi dan pada tahun 2007 bertambah satu jurusan yaitu Akuakultur.
Mulai tahun 2015 Fakultas Pertanian menambah 2 (dua) program studi baru yaitu Program Studi Kehutanan dan Program Studi Teknologi Industri Pertanian, dengan demikian Fakultas Pertanian mulai tahun 2016 sudah memiliki 6 (enam) Program Studi Sarjana (S1), yaitu Program Studi Agroteknologi (AGT), Program Studi Peternakan (PTK), Program Studi Agribisnis (AGB), Akuakultur (AKUA), Program Studi Kehutanan (HUT) dan Program Studi Teknologi Industri Pertanian (TIP). Sampai dengan tahun 2020 Program Studi Budidaya Perairan berubah nama nomenklatur menjadi Akuakultur.